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Durante quase meio século, apenas os 'capuchos de Santo Antonio' preservaram a integridade do território do atual município de Mazagão, através da catequese junto aos aguerridos índios Urubus. Para as margens do rio Mutucá mudou-se, em 1769, grande número de índios, originários do rio Negro, com a incumbência de preparar terreno para o recebimento de colonos mazaganistas de Mauritânia (África). No ano seguinte, o povoado recebeu a denominação de Nova Mazagão, em homenagem a seus esperados colonizadores. De fato, em 1771 chegaram 163 famílias, que procuraram se organizar nos moldes da pátria distante. Montou-se a primeira olaria. Os produtos agrícolas foram alvo de dedicação especial. Considerando o difícil acesso a Mazagão, situada em estreito rio, foi a sede municipal transferida para a povoação de Vila Nova do Anauerapucu com o nome de Mazaganópolis. Posteriormente, veio a chamar-se Mazagão, ficando a antiga com a denominação de Mazagão Velho. Em 13 de setembro de 1943, o município passou a integrar o Território Federal do Amapá, desligando-se do estado do Pará.
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